Do tej pory powszechnie uważano, że wrzody są powodowane przez stres, palenie, alkohol, ostre przyprawy. Chociaż wszystkie one mogą istotnie przyczyniać się do rozwoju choroby, to obecnie uważa się, że głównym winowajcą jest bakteria nazwana Helicobacter pylori. Ma ona unikalne właściwości pozwalające na przeżycie w ekstremalnie niekorzystnych warunkach panujących w żołądku i dwunastnicy.
Jest obecna u prawie wszystkich pacjentów z chorobą wrzodową dwunastnicy i w 80% przypadków choroby wrzodowej żołądka. Przypuszcza się, że jest ona przenoszona przez bezpośredni kontakt, np. przez ręce.
